El Campus Concá se concibe la idea el mes de Agosto del año 2015, cuando el Rector Dr. Gilberto Herrera Ruiz se reúne en la localidad de Concá municipio de Arroyo Seco con autoridades electas, es en ese momento donde encarga al Ing. Juan Fernando Rocha Mier la búsqueda de tierras para poder lograr el Campus.

En los siguientes meses se hace una búsqueda, encontrando un terreno de 21 Has, propiedad de Gobierno del Estado el cual pudiere ser donado para la edificación de la Universidad Autónoma de Querétaro, es así que se hacen los estudios de factibilidad resultando positivos y se toma la decisión de solicitar al Gobierno del Estado la donación.

En el mes de Agosto de 2013 se toma la decisión de participar en la Convocatoria de Fondos Mixtos del CONACyT, los términos de referencia de la convocatoria marcaba la creación de un Centro de Investigación, a través de la Dirección de Investigación y Posgrado en donde en ese momento fungía como director el Dr. Irineo Torres Pacheco se empezó a realizar las reuniones con las diferentes facultades en especial la Ciencias Naturales e Ingeniería, en donde participaron un gran número de investigadores.

En el mes de Noviembre 2013 se termina el proyecto y se envía a CONACyT, en donde en el mes de Diciembre se recibe la noticia que el proyecto fue aprobado por un monto total de 20 millones de pesos. El proyecto empezó en el mes de Febrero de 2014, sin embargo el predio que el Gobierno del Estado ofreció a la Universidad estaba invadido por ocho familias las cuales se resistían a salir de las tierras, fue necesario realizar diferentes reuniones con la población de la Delegación de Concá para que pudieran acceder a dejar las tierras, teniendo como resultado que el día 3 de mayo de 2014 la Universidad toma posesión del predio.
A partir de esa fecha de Mayo de 2014 se empieza el proyecto y en los meses subsecuentes se tienen avances significativos.

En el mes de Abril de 2015 se aprueba por el H. Consejo Universitario la creación del plantel Concá de la Escuela de Bachilleres “Salvador Allende”, así mismo en el mes de mayo de 2015 se empieza la promoción de la Escuela de Bachilleres y en conjunto la Facultad de Ingeniería a través de su programa académico de Ingeniero Agroindustrial, en el mes de Junio se da la aprobación por el H. Consejo Universitario del programa académico en producción agropecuaria sustentable de la Facultad de Ciencias Naturales.

El día 30 de Julio de 2015 inicia clases la Escuela de Bachilleres “Salvador Allende”, plantel Concá, con 16 alumnos; el día 3 de Agosto de 2015 empieza clases la carrera de Ingeniería Agroindustrial, con 10 alumnos y el 24 de Agosto de 2015 inicia clases la carrera de Producción Agropecuaria Sustentable con 7 alumnos.